Puedes hacerlo también desde el mismo SQL Server Management Studio, creas el plan de mantenimiento y lo programas. No afecta a la base de datos. Solo la afectarías si ejecutas instrucciones DELETE / INSERT / UPDATE en las tablas de SAP.
Por último, te recomiendo que la ejecución de este plan de mtto sea en horarios en que no haya usuarios conectados a la base de datos.
Saludos,
JC.